年末調整の実務｜注意が必要な控除や必要書類、計算方法について
毎年12月付近になると、従業員を雇用する企業では年末調整の業務が発生します。これは所得税を正確に計算し直す処理のことで、払い過ぎた税金の還付や不足分の徴収を行うためには欠かせません。
実際の業務では具体的にどのようなことを行うのか、年末調整業務について解説していますので、実務にあたる担当者の方や従業員の雇用を考えている企業の方はぜひ参考にしてください。
年末調整の必要性
年末調整とは、1年間に支払った給与に対する所得税額を正確に計算し、毎月の給与からすでに天引きされている源泉徴収税額との差額を精算するための業務です。
月々の源泉徴収は概算に基づくものであるため、実際の年収が確定した段階で改めて正確な所得税額を計算しないと正しい税額を納めることができないのです。そこで年末調整は納税義務を適切に履行するために欠かすことができません。
年末調整の対象者
年末調整の対象となるのは給与所得者（会社に勤める正社員や契約社員、パート、アルバイトなど）です。
ただし、すべての給与所得者が対象となるわけではありません。年収が2,000万円を超える方や、2ヶ所以上から副業などにより給与を受けている人（年末調整されなかった所得の合計が20万円を超える場合）、災害減免法により源泉徴収税額の徴収猶予や還付を受けた人は年末調整の対象外となり、その方自身で確定申告を行わなければなりません。
年の途中で入社・退職した場合
年の途中で入社した方に関しても、その年の12月31日時点で在籍をしているなら年末調整の対象となります。反対に、同年に前職での給与も受けている場合は、前の勤め先からの源泉徴収票を提出してもらった上で現職と前職の給与・源泉徴収税額を合算して年末調整を行います。
※前職の源泉徴収票が提出されない場合は合算ができないため、年末調整もできず、本人に確定申告をしてもらう必要がある。
一方、年の途中で退職した方は原則として年末調整の対象外です。そのため本人で確定申告を行う必要があります。
年末調整で適用する控除項目
年末調整で重要な作業の1つが「所得控除の適用」です。各種所得控除を適用することで課税所得は減少し、所得税額もその分小さくなります。適用要件や控除額など、仕組みをよく理解していないと税額にズレが生じるため注意しなくてはなりません。
年末調整では次の控除制度について適用関係をチェックしましょう。
- 基礎控除
- 給与所得控除
- 配偶者控除・配偶者特別控除
- 扶養控除
- 障害者控除
- ひとり親控除
- 寡婦控除
- 勤労学生控除
- 生命保険料控除
- 地震保険料控除
- 社会保険料控除
注視すべき控除
関係する控除はすべてチェックしないといけませんが、実務上よく確認しておくべきものとして「生命保険料控除」と「地震保険料控除」、「社会保険料控除」などが挙げられます。
生命保険料控除はさらに一般生命保険料、介護医療保険料、個人年金保険料の3つに分類され、それぞれ最大4万円、合計で最大12万円が控除される仕組みになっています。年間に一定額以上の生命保険料を支払った方が適用を受けられます。
地震保険料控除は、地震保険料として支払った金額に対応して、最大5万円の限度で所得控除できる仕組みになっています。
社会保険料控除に関しては、健康保険料、厚生年金保険料、雇用保険料など、給与から天引きされる社会保険料額を控除できる仕組みになっています。社会保険料を支払った納税者本人に加え、生計を一にする家族のために支払った分も対象となります。
年末調整では適用できない控除もある
実際には、上に挙げた制度以外にも適用できる控除制度が存在しています。たとえば「医療費控除」や「住宅ローン控除（初年度）」です。
医療費控除は、年間を通して10万円超の医療費を支払った方が対象の所得控除です。10万を超えた部分に対して控除が受けられるのですが、年末調整で医療費控除を反映させることはできず、納税者本人に確定申告で対応してもらう必要があります。
住宅ローン控除とは「住宅借入金等特別控除」のことで、マイホーム購入の際住宅ローンを組んだ方を対象にした税額控除（所得の計算時に適用する所得控除とは異なり、税額から直接控除を行う）です。年末時点でのローン残高の一定割合が控除できます。
しかしながら、住宅ローン控除を適用する初年度に関しては納税者本人で確定申告を行わないといけないルールになっています。そのため初年度は本人に対応してもらい、2年目以降に会社側が年末調整で対応をしていきます。
年末調整の実務・計算方法
年末調整の業務は、多くの場合11月頃から始まります。まずは従業員に各種申告書の配布と記入依頼を行い、必要な添付書類の提出を求めましょう。そして提出された書類をもとに、給与計算ソフトや税務ソフトを使用して年末調整の計算を進めていきます。
年末調整の計算は次のように段階的に行います。
- 1年間の給与等の収入から給与所得控除額を差し引いて「給与所得」を計算
- 給与所得控除は、収入金額に応じて65万円から最大195万円を適用可能
- このときの収入金額は源泉徴収票の支払金額に対応
- 給与所得金額に各種所得控除を適用して「課税所得金額」を計算
- 基礎控除は、収入金額に応じて58万円から最大95万円を適用可能
- その他配偶者控除や保険料控除などもここで適用
- 課税所得金額に所得税率を適用して「年調年税額」を計算
- 年調年税額とは、年末調整により導出された本来納めるべき所得税額のこと
- 税率は課税所得金額の大きさに対応して5％から最大45％を適用する
- 年調年税額には復興特別所得税も加算する
- 本年分の徴収税額の合計額と比較して過不足額を精算
- 納めすぎていたときは、過納額を還付する
- 本来の税額に足りていないときは、不足額を徴収する
給与所得控除や基礎控除に関しては2025年から改正法が適用されますので、国税庁HP等をチェックしておきましょう。
参考：国税庁HP「令和７年度税制改正による所得税の基礎控除の見直し等について」
また、担当者は上記計算を正しく進めるため、必要書類を確実に揃えるよう注意してください。未提出の書類があったり、そこに記載ミスがあったりすると、前提となる正しい情報が得られずにその後の計算すべてがずれてしまいます。
